«Золотой компас» рассказывает о начале приключений необычной девочки Лиры Белаква в мире, где ведьмы правят небесами Севера, где белые медведи - самые отважные воины и где у каждого есть свой персональный «деймон» — животное, сопровождающее человека всю его жизнь, и где наука, теология и магия тесно связаны друг с другом.

В обычной жизни Лира проводит свои дни на улицах города Оксфорд с мальчиком Роджером, однако её жизнь радикально меняется после того, как она вместе со своим «деймоном» по имени Пантелеймон предотвращает попытку убийства её дяди, могущественного Лорда Азриела, и случайно слышит тайный разговор о таинственных частицах под названием Пыль, грозящих уничтожить все миры. Вскоре в её руки попадает удивительный артефакт, внешне похожий на компас, под названием алетиометр: с его помощью можно узнавать истину о неведомых вещах, однако его нелегко прочитать.

Тем временем в стране начинают пропадать маленькие дети. В этот же момент в Оксфорде объявляется загадочная и могущественная миссис Колтер, которая берёт Лиру под свою опеку. В определённый момент Лира узнаёт, что Миссис Колтер состоит в некоем Жертвенном Совете и причастна к пропаже детей.

Лира сбегает от миссис Колтер и попадает к цыганам, которые больше остальных пострадали от деятельности Совета. Одновременно Лира выясняет, что в городе Больвангар готовится нечто страшное, там же томятся и похищенные дети и среди них лучший друг Лиры — Роджер. Лира вместе с цыганами отправляется на Север, чтобы разыскать и спасти несчастных детей. В помощь к девочке приходят клан северных ведьм под предводительством прекрасной Серафины Пеккала и огромный бронированный медведь. На пути их стоят зловещая миссис Колтер и армия её монстров, охраняющих Больвангар.